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十三部刺史的设置是汉武帝时期在中国封建监察制度上又一大创设。
从武帝设十三部刺史后，御史中丞的地位明显提高，杜佑在《通典》卷二十四《中丞》条中说，御史中丞“外督部刺史，内领侍御史十五员，受公卿奏事，举劾按章。盖居殿中察举非法也，及御史大夫转为大司空，而中丞出外为御史台率，即今之(唐朝)御史大夫任也武帝时以中丞督司隶，司隶督丞相，丞相督司直，司直督刺史，刺史督二千石”。
又云至东汉初光武帝时御史中丞“与尚书令、司隶校尉朝会皆专席而坐，京师号为三独坐，言其尊也”。
《通典》这一记载说明从武帝时起御史中丞地位逐步提高，武帝时起设司隶校尉可监察丞相，丞相督司直，司直督刺史，刺史督二千石，然司隶校尉又受御史中丞的督察，体现了互相制约的关系。
另据《汉书·百官公卿表》载成帝绥和元年(前8)和哀帝元寿元年(前2)曾两次反复把御史大夫改为大司空，改御史中丞为御史长史。把“掌副丞相”的御史大夫改为大司空，御史中丞改为御史长史则变成了御史台的长官。这也就是说，御史中丞从副丞相御史大夫的隶属下成为独立的最高监察官。御史中丞作为专职监察官，从行政权的隶属下，拥有了相对独立的监察权。御史合作为独立的监察机构便在此时产生了。